河道需要浚通，从运河到长江，到河湖转航，沿途河道复杂多变，需要做好准备。石桥桥面要铺垫黄土，码头需要铺设棕毯。水道、河道必须提前浚通，根据大小船只的宽窄，对河道进行测量，该开挖的要开挖，该拓展的要拓展。水上要搭建黄布水城，四角还要搭建帐房，护持中央水城。还要准备拉纤的兵丁3600人，牵拉御用船只。
行宫的准备。按照计划，皇帝日行不超过60里，这样，每走30里就要休息，需要驻地和营盘。所以，行宫是很多的。据统计，每次南巡，总有30多个行宫；此外，还要修建大量蒙古包和尖营，补充行宫之不足。仅以扬州为例，资料统计，扬州富商为乾隆捐资修建行宫楼廊5154间，亭台196座。不仅如此，富商们还要购置古玩珍宝、花木竹石，作为陈设。
御膳的准备。皇帝出巡，吃用必须和宫里一样。这样，往来5800里的路程，要将御膳房随带。不仅厨师不能少，就是厨具也都会刻意准备。为了保证牛奶的使用，特地从京师带来乳牛75头，羊1000只，不够随补。所用水更是皇家专供，在直隶境内，用香山静宜园泉水；山东境内，用济南珍珠泉水；江苏境内，用镇江金山泉水；浙江境内，用杭州虎跑泉水。